
Os Salesianos chegaram a Cuiabá-MT, em 18 de julho de 1894, coordenados por Dom Luiz Lasagna, onde fundaram a Missão Salesiana de Mato Grosso-MS.
Os seus primeiros líderes e representantes seguiram para aquele Estado com o objetivo de continuar a obra educativa e cristã iniciada por Dom Bosco, fundador da Obra Salesiana.
Hoje, a Missão Salesiana de Mato Grosso administra mais de 20 escolas, a Universidade Católica Dom Bosco (UCDB), em Campo Grande-MS, e o UniSALESIANO – Centro Universitário Católico Salesiano Auxilium – em Lins-SP e Araçatuba-SP.

Em 1949, os Salesianos chegaram a Araçatuba com o intuito de expandir o trabalho de Dom Bosco. Já no ano seguinte, a Obra Salesiana deu início a suas atividades no município.
As personalidades que marcaram a história do Colégio Salesiano foram o pároco local, Monsenhor Vitor Mazzei, que estimulou a chegada dos salesianos à cidade, e o Pe. Pedro Cometti, responsável pelo início dos trabalhos.
A partir de 1950, a presença salesiana começou a ganhar destaque com a atuação de Pe. Mário Pellatiero, primeiro diretor do Colégio, e do Pe. Francisco Sersen, construtor da Igreja Paroquial.
O terreno onde a escola foi construída, na Rua Cussy de Almeida, foi doado pelos senhores Francisco Cocapieller, Gabriel Ganme e João Francisco dos Santos.

O Ensino Superior teve início nos Salesianos de Araçatuba a partir de 1974. Naquele ano, foi criada a Faculdade de Ciências Contábeis e Atuariais da Alta Noroeste, com o Curso de Ciências Contábeis.
Em 1993, foi instalada a Faculdade de Tecnologia da Alta Noroeste, com o Curso de Tecnologia em Processamento de Dados. Em 2001, era criado o Curso de Engenharia e, em 2002, dois novos Programas eram implantados: Engenharia Mecatrônica e Engenharia da Computação.
Com a chegada do novo Diretor, Pe. Luigi Favero, em janeiro de 2002, embora as áreas se mantivessem distintas, todos os Cursos Superiores da Instituição foram abrigados sob o novo nome de Faculdades Católicas Salesianas, título que vigorou até 28 de julho de 2005, quando se tornou um centro universitário.
Em 2003, surgia a Faculdade de Ciências Sociais Aplicadas da Alta Noroeste que, de imediato, iniciou os Cursos de Direito, Turismo, Administração e Publicidade e Propaganda.
Em 23 de outubro de 2003, as Faculdades Católicas Salesianas assumem a Universidade Aberta da Melhor Idade (UNA), que funciona na antiga Vila Ferroviária, no centro de Araçatuba.
Em fevereiro de 2004, foram inauguradas as Clínicas de Enfermagem e Fisioterapia, no antigo centro ferroviário, situado no centro de Araçatuba.

Dom Henrique Mourão, bispo salesiano de Lins, iniciara sua atividade educativa na Diocese com um colégio onde funcionava a Escola de Comércio. Com a chegada dos padres salesianos, em 1939, a continuidade de seu projeto educativo estaria garantida. Eles assumiram, inicialmente, a paróquia Dom Bosco; em 1942, assumiram também o colégio e, nele, atuaram até 1966 como escola-internato. Essa modalidade prosperou e levou os Salesianos a ampliarem o prédio para receber alunos internos que predominavam, hegemonicamente, como polo de todas as atenções e foco de todas as organizações.
Em 1969, os Salesianos de Lins, tendo como Diretor o Pe. Ariento Domenici, levaram adiante a ideia da criação de cursos em nível superior com a proposta de instalação dos cursos de Administração, Ciências Contábeis e Economia
Durante o andamento do processo, decidiu-se pela exclusão do curso de Economia e, ao mesmo tempo, iniciou-se a elaboração do projeto para criar a Faculdade de Educação Física de Lins.
Em 10 de janeiro de 1972, acontece a aprovação da Faculdade de Ciências Administrativas e Contábeis de Lins – FACAC, e no dia 27 de janeiro do mesmo ano, a aprovação da Faculdade de Educação Física de Lins- FEFIL.
Em 1976, o Pe. Carlos Del Torchio entrou com processo junto ao Conselho Federal de Educação para a criação da Faculdade de Saúde de Lins. Os cursos de Fisioterapia e Terapia Ocupacional tiveram seus projetos aprovados vinculados à Faculdade de Educação Física de Lins. Em 15/05/85 foram reconhecidos pelo MEC. Desde 1996, são oferecidos cursos de pós-graduação ‘Lato Sensu’ nas cinco áreas dos cursos oferecidos.

As Irmãs Filhas de Maria Auxiliadora, salesianas, chegaram a Lins em 1942 e assumiram a já existente “Escola Normal Nossa Senhora Auxiliadora” que, em 24 de março de 1957, daria lugar à fundação da Faculdade Auxilium de Filosofia, Ciências e Letras de Lins – FAL.
O primeiro Diretor foi Monsenhor Luiz Gonzaga Pasetto, responsável pelo funcionamento dos cursos de Pedagogia e Letras, criados em 1956. Logo em seguida, foram estabelecidos os cursos de Geografia e História (1962) e, posteriormente, os cursos de Desenho e Artes (1977), Biologia, Química, Física e Matemática (1979), Filosofia (1993), Formação de Psicólogos (2001) e o Programa Especial de Formação Pedagógica para Docentes do Ensino Fundamental e Médio e Educação Profissional em Nível Médio (Res. CNE/CP 02 de junho de 1997).
Em 1999, a Instituição implantou uma série de cursos sequenciais, em consonância com o Artigo 44 da Lei 9394/96 e a Resolução CES n.º 1 de 27 de janeiro de 1999. Além dos já mencionados, a Faculdade Auxilium de Filosofia, Ciências e Letras de Lins mantém também cursos de Especialização e Pós-Graduação Lato Sensu (Resolução CEE n.º 12/83).

No dia 29 de julho de 2005, o Diário Oficial da União publicava a Portaria 2.701, do Ministério da Educação e Cultura (MEC), que autorizava a criação do Centro Universitário Católico Salesiano Auxilium – UniSALESIANO, unindo as Faculdades Católicas Salesianas de Araçatuba, as Faculdades Salesianas de Lins e Faculdade de Filosofia Ciências e Letras Auxilium de Lins. Desde esta data histórica para a educação superior no Noroeste Paulista, o novo centro universitário apresentou um crescimento vertiginoso. Até 2015, o UniSALESIANO oferecia 28 cursos superiores, com oito mil alunos nos dois campi, entre cursos de graduação e pós-graduação.
Ainda em 2005, a instituição iniciava a construção do novo campus em Araçatuba, na rodovia Senador Teotônio Villela. O campus foi inaugurado em fevereiro de 2006, com a entrega – em tempo recorde de apenas nove meses -, do primeiro dos três blocos, e a Igreja Universitária dedicada à Nossa Senhora Auxiliadora. Todos os cursos superiores mantidos pelo UniSALESIANO foram, então, transferidos para o novo complexo educacional, numa área de 8 alqueires – o que equivale a mais de 8 campos de futebol. O Campus Universitário dispõe de salas de aula, laboratórios, biblioteca, espaço para lazer e ampla área destinada a estacionamento de carros, motos e ônibus.
Em 2007, foi entregue o segundo bloco do novo campus universitário. Novos cursos são autorizados: Tecnologia em Jogos Digitais (2008), Jornalismo, Farmácia e Educação Física (2009), Química, Ciências Biológicas e Nutrição (2010), Serviço Social, Engenharia de Bioprocessos, Engenharia Elétrica e Engenharia Civil e Engenharia Mecânica (2011), Medicina Veterinária e Psicologia (2012), e Arquitetura e Biomedicina(2013). Em 2014 é inaugurado o terceiro bloco do campus universitário em Araçatuba. Em 2015, o UniSALESIANO obteve do MEC, como nota de Recredenciamento, o conceito 4, considerado “Muito Bom”.
Em 29 de janeiro de 2015, Pe. Luigi Favero é empossado novo Magnífico Reitor do UniSALESIANO. Neste mesmo ano, a Instituição conquista a oportunidade de ter um curso de Medicina. Em agosto de 2019, o UniSALESIANO inaugurou seu Centro de Convivência, voltado ao conforto e bem-estar dos acadêmicos, com sala de descanso, refeitório, academia, sala de dança, a capela, entre outros ambientes.
Em 2020, Pe. Erondi Tamandaré, que esteve à frente da Pastoral Universitária do UniSALESIANO, foi nomeado, no ano seguinte, Diretor-Geral da Presença Salesiana em Araçatuba e Vice-Reitor do UniSALESIANO Araçatuba. Ele permaneceu no cargo até dezembro de 2023, quando foi nomeado como Ecônomo Inspetorial da Missão Salesiana de Mato Grosso, a mantenedora das casas salesianas. Assumiu, em janeiro de 2024, o posto de Diretor-Geral da Presença Salesiana em Araçatuba e Reitor do UniSALESIANO Araçatuba, Pe. Paulo Fernando Vendrame.
Atualmente, o UniSALESIANO conta com 21 cursos de Ensino Superior, além de pós-graduação e doutorado.
Missão Institucional
O Centro Universitário Católico Auxilium – UniSALESIANO, fundado em princípios éticos, cristãos e da pedagogia salesiana, e em consonância com suas funções de ensino, pesquisa e extensão, inspirado nos princípios e fins da Educação Nacional, tem por Missão contribuir na formação ética, cristã e salesiana de cidadão, através da produção e difusão do conhecimento e da cultura.
Esta Missão se expressa na seguinte afirmação de Dom Bosco: formar bons cristãos, honestos cidadãos e profissionais competentes.